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m6A作为国自然的研究热点,相关研究在各种高水平杂志上频频出现;非编码RNA作为国自然的宠儿,研究热度同样只增不减。相信今天的非编码RNA+m6A的思路可以弥补你没有抢占到m6A研究先机的困扰。
今天这篇文章,识别了低级别胶质瘤m6A相关lncRNA,可以作为识别患者总体生存的生物标志物。文章八月份发表在Frontiers in Cell and Developmental Biology(IF: 5.201)。m6A相关的lncRNAs是预测低级别胶质瘤患者总体生存率的潜在生物标志物
在TCGA和CGGA数据集中,作者研究了m6A相关lncRNA的预后价值。基于皮尔森相关筛选与m6A相关的lncRNA,通过单变量cox和LASSO回归,识别了9个潜在的lncRNA,并且进行了验证。最后基于m6A相关lncRNA构建了ceRNA网络,进一步探索了lncRNA在肿瘤中的发生发展机制。1.数据:TCGA与CGGA中低级别脑胶质瘤表达数据(LGG)。22个临床样本的qRT-PCR 。2.方法:K-M,cox,LASSO,SPSS,PCA,GSEA,Nomogram。1.基于表达相关性进行LGG患者中与m6A相关的lncRNA的鉴定,识别了24个预后相关的lncRNA图1.流程图以及m6A相关基因与预后相关lncRNA相关性2. TCGA数据集中m6a-LPS的构建,通过LASSO生成了包含9个lncRNA的风险模型m6a-LPS图2.LASSO以及TCGA与CGGA样本生存分析3.与m6A相关的lncRNA的预后分析,利用单变量cox分析评估lncRNA预后作用图3.包括在预后签名中的9个m6A相关lncRNA的预后能力的森林图4.m6a-LPS的分层分析,探索临床特征与风险评分的相关性图4.不同临床特征患者lncRNA标志物的预后价值5.主成分分析发现lncRNA大部分与m6A reader相关图6. 低风险和高风险亚组之间的2571个差异表达基因(DEG)的功能分析7.m6A-LPS是LGG患者的独立预后因素以及列线图构建图8.7个与m6A相关的lncRNA的ceRNA网络9.神经胶质瘤样品中5种与m6A相关的lncRNA表达水平的验证总结:
文章利用TCGA数据,通过表达水平识别了与m6A因子相关的lncRNA。利用单变量cox和LASSO筛选了与预后相关的lncRNA,并且利用CGGA数据进行验证,最后利用实验验证了所识别的预后相关lncRNA的表达水平,还构建ceRNA网络。文章思路虽然简单,却十分清晰,公共数据加上实验验证也较为完备。需要划重点的是,如果你还在烦恼自己想做的m6A相关研究或者非编码相关研究已经被人抢占先机,m6A+非编码的思路非常适合你。