今天小编带领大家了解如何下载一个物种的基因组和GFF文件。

一、NCBI下载。

１、进入NCBI，点击Assembly

2、输入要下载的物种名字，本处以小麦为例。输出结果如下：

以第２条这一版本为例进行点击查看如下:

3、点击右上角Download the GenBank assembly，出现如下界面：

４、点击下载你想要的GFF、基因组文件即可。

二、Ensemble

进入ensemble网站：http://asia.ensembl.org/index.html。

在网站最下方有Ensembl Bacteria；Ensembl Fungi；Ensembl Plants；Ensembl Protists；Ensembl Metazoa几个子数据库

我想检索小麦，故进入Ensembl Plants数据库，如下。点击选择物种Triticum aestivum

进入如下界面。

点击Download DNA sequence (FASTA)

 另外还以一种简便方法就是直接从下面页面下载，网址是：

http://asia.ensembl.org/info/data/ftp/index.html

三、Phytozome（JGI）下载

１、注册账号

https://contacts.jgi.doe.gov/registration/new

２、进入主页面https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#

３、选择物种Triticum aestivum v2.2

4、点击Bulk data

５、点击Ok proceed to data

进入如下界面

６、点击v2.2，可以看到如下界面 

７、选择自己想要的基因组，蛋白质、GFF文件等下载（这里面还有最长转录本primaryTranscriptOnly*信息啊，在由可变剪接情况下不用自己处理奥）

转载自BMK公众号，有改动。