铜死亡相信已经不用赘述了，今天不讲分子机制，也不讲分析套路。我们一起来看看两个月的时间，到底出了多少文章。咱们直接上结论，目前包括预印本在内，一共10篇。其中已经接受或者发表的2篇，预印本8篇。预印本的8篇中，2篇处于under review。除了2篇泛癌之外，涉及的癌型包括黑色素瘤、透明细胞肾癌、急性髓系白血病、结直肠癌、胃癌、胰腺癌、肺腺癌。文章思路涉及LASSO cox依赖的预后模型、肿瘤分子分型和lncRNA。影响因子范围在2.754 ~ 5.81之间。从发现热点到文章接收，最快的大佬只花了48天。

当然了，撞车不可怕，抢发也不可怕；可怕的是啥都不知道，送到审稿人手里才被告知有已发表的，所以赶紧收藏这个表格。如果本身做的就是非常规的思路，那大可不必担心。如果已经撞车或者思路简单怕没别人快，那就马上进行调整。针对各种情况，小编会给出相应的解决方案，这个时候需要相信生信的速度优势，毕竟从头做一个也花不了多久，知己知彼之后再弯道超车是非常容易的。

统计结果如下：

总结：

铜死亡这个概念的正式提出，也就是science那篇文章发表的日期是三月十八号。目前已发表的透明细胞肾癌应该是最早的一篇铜死亡生信文章，发表日期五月十号，时间不到两个月。如果觉得从发现热点到分析和投稿，两个月已经很快了，那你可能低估了现在卷的程度。透明细胞肾癌那篇文章，杂志社显示收到的日期是四月四号。也就是science文章发表后，大佬只花了不到17天就完成了分析和成稿。夸张点说，也就花了两周。

当然了，有人欢喜有人愁。我们可以看到，南通大学同样出了一篇透明细胞肾癌的铜死亡文章。最开始还显示在投BMC bioinformatics，处于under review阶段。不过目前已经没有显示文章状态了，毕竟有人已经发表了，所以大概率是凉了。

另外一个值得关注的点，就是泛癌分析大概率已经卷没了。铜死亡整体的泛癌刻画已经出了；铜死亡最关键的调控因子FDX1也已经出了。

除此之外，胃癌的铜死亡文章同样值得我们关注，文章思路就是当初为大家推荐的铜死亡相关疾病分型。并且本文添加了相应的湿实验。从当初铁死亡和细胞焦亡的情况来看，8分应该是稳的。两个月的时间，生信分析，湿实验，文章写作能全部整完，不得不感叹大佬的速度就是快。

接下来小编将针对这10篇文章，逐一为大家解析。当然了，撞车的小伙伴挑撞车的文章看就行了，每个类型的文章，小编会给出解决的方案。

文章列表：

Accept/published:

1.Comprehensive Analysis of Cuproptosis related genes in Immune Infiltration and Prognosis in Melanoma. 2022 May 19

2.A Novel Cuproptosis-Related Prognostic Gene Signature and Validation of Differential Expression in Clear Cell Renal Cell Carcinoma. 2022 May 10

Preprint:

1.A Pan-Cancer Analysis of prognosis and immunity of cuproptosis-related gene FDX1. 2022 May 16

2.Pan-cancer analyses reveal molecular and clinical characteristics of cuproptosis regulators in cancer. 2022 May 13

3.A novel cuproptosis-related gene signature can predict prognosis in acute myeloid leukemia. 2022 May 10

4.Identification of the immune infiltration landscape and development of the prognostic signature on cuproptosis-related genes in colorectal cancer. 2022 May 11

5.Cuproptosis-related lncRNAs are correlated with metabolism and immune microenvironment and predict prognosis in pancreatic cancer patients. 2022 May 16

6.Identification of cuproptosis-related subtypes, construction of a prognostic model, and characterization of the tumor immune microenvironment in gastric cancer. 2022 May 16

7.Cuproptosis-related IncRNAs predict prognosis and immune reponse of lung adenocarcinoma IncRNAs predict lung adenocarcinoma. 2022 May 25

8.Comprehensive Analysis of Cuproptosis Regulators With Regard to prognostic and Immune Infiltration in Clear Cell Renal Cell Carcinoma. 2022 May 12

已发表文章详解：

1.Comprehensive Analysis of Cuproptosis related genes in Immune Infiltration and Prognosis in Melanoma. 2022 May 19

Accept

Journal: frontiers in pharmacology. IF: 5.81. 医学2区

华山医院

主要背景：

铜死亡是最近识别的铜依赖的调节性细胞死亡方式，然而在肿瘤发生中的作用还未可知。

主要内容：

铜死亡基因表达与预后；聚焦LIPT1；免疫检查点与Treg细胞浸润；免疫治疗患者中表达水平；泛癌分析。

主要结论：

该研究表明了铜死亡相关基因在黑色素瘤中的预后价值，尤其是LIPT1。揭示了LIPT1与免疫特征的关系；为黑色素瘤的预后评估和免疫治疗候选靶点提供了新的线索。

如果和这篇文章撞车，想调整还是比较麻烦的，因为在非免疫治疗患者和免疫治疗患者中都进行了分析。不过也不是没有办法，最简单的方式就是和当前文章的组学避开。从公开数据来说，从基因组的角度研究这10个铜死亡基因是最省事的选择。

2.A Novel Cuproptosis-Related Prognostic Gene Signature and Validation of Differential Expression in Clear Cell Renal Cell Carcinoma. 2022 May 10

Published

Journal: genes. IF: 4.096. 生物学3区

浙江大学医学院公共卫生学院健康科学大数据系

主要背景：

铜死亡是一种新的细胞死亡方式，然而肾透明细胞癌中铜死亡的临床影响还未可知。

主要内容：

铜死亡相关基因表达和基因组改变；功能富集和PPI网络；预后signature的构建与验证（SIS+LASSO）；nomogram建立；表达水平独立数据验证；表达水平与免疫浸润水平；表达水平与临床病理特征。

主要结论：

该研究系统地分析了肾透明细胞癌中铜死亡基因改变和互作蓝图，表明铜死亡基因在肾透明细胞癌临床结局中扮演了关键角色。文章结果为癌症预防和治疗中铜死亡相关的药理和非药理治疗策略开发提供了新视角。

针对这篇文章，已经不用做假设了，南通大学那篇已经撞了。其实如果实验过程都在的话，完全可以尝试做肾嫌色细胞癌或者肾乳头状细胞癌，这样改动的地方最小。如果不想换研究的疾病，在3-5的水平的前提下，针对铜死亡基因先识别分子亚型，再挑选亚型特征构建模型是最简单的方式。

预印本文章详解：

1.A Pan-Cancer Analysis of prognosis and immunity of cuproptosis-related gene FDX1. 2022 May 16

弋矶山医院

Science原文刻画的基因FDX1是铜死亡的核心

主要背景：

FDX1是science原文提到的key regulator。本文的主要背景和目的是FDX1作为铜死亡的关键调控基因，但是目前却没有泛癌的分析。作者的目的是采用生物信息学泛癌分析，探索FDX1在癌症患者免疫机制中的影响以及预后价值。

主要内容：FDX1表达水平；表达与临床病理特征的关系；表达与生存的关系；基因组改变；表达与其蛋白磷酸化关系；表达与其甲基化的关系；表达与免疫抗原和免疫相关基因的关系；与其共表达基因的GO&KEGG；高低表达间GSEA；PPI网络。

主要结论：FDX1在一些肿瘤中能够作为预后marker。

如果和这篇文章撞车的话，那基本就没招了，因为另一篇泛癌的铜死亡文章刻画的是全部铜死亡基因，连本文能否发表都是个问号。所以调整的方式可以将泛癌刻画作为一个section放在最前面，选择其中一个癌型进行后续的分析是比较可行的方式。

2.Pan-cancer analyses reveal molecular and clinical characteristics of cuproptosis regulators in cancer. 2022 May 13

湘雅医院

主要背景：

铜死亡在癌症中还没有被阐明。新的细胞死亡机制往往能导致新的肿瘤治疗靶点的识别和患者个性化治疗的发展。为未来的研究提供初步的概述和参考点，作者在33个肿瘤的多组学视角中使用大数据对铜死亡调控因子的分子和临床特征进行综合评估。

主要内容：

铜死亡调控因子的体细胞改变landscape；铜死亡调控因子的表达模式以及铜死亡活性评分构建；铜死亡调控因子甲基化水平；非编码RNA及TF调控网络；铜死亡活性评分能够预测患者预后；铜死亡活性评分与通路活性；铜死亡活性评分与免疫特征；铜死亡活性评分与化疗药物敏感性及免疫治疗结局。

主要结论：

当前研究首次在33个肿瘤中综合评估了铜死亡调控因子的临床和分子特征，为将来铜死亡相关的研究提供了一个可用的资源和参考点。铜死亡与多个肿瘤相关通路和免疫特征相关，因此可能被用于开发新的策略来治疗癌症。

与上一篇文章的结论一致，如果泛癌撞车，可行的方式是将泛癌结果作为引子，选择一个肿瘤做后续深入的分析。

3.A novel cuproptosis-related gene signature can predict prognosis in acute myeloid leukemia. 2022 May 10

南京鼓楼医院

14个cuproptosis related genes?

主要背景：

铜死亡是铜依赖的程序性细胞死亡，然而AML中铜死亡相关基因的预后意义尚不清楚。

主要内容：

总体来说，就是基于铜死亡基因构建了AML预后模型

铜死亡相关基因表达水平；铜死亡相关基因预后价值；预后模型构建和验证；模型功能分析；模型对于药物敏感性的预测；模型免疫细胞浸润分析。值得注意的是，本文的铜死亡相关基因有14个，且没有说明这14个的来源。要知道，science原文提到的是10个。

主要结论：

研究表明铜死亡与AML密切相关。风险得分能够很好地预测AML预后。

在说解决方案之前，本文的铜死亡基因本身就值得注意，来源不清晰。同样的，如果和本文撞车，在3-5的水平的前提下，针对铜死亡基因先识别分子亚型，再挑选亚型特征构建模型是最简单的方式。

4.Identification of the immune infiltration landscape and development of the prognostic signature on cuproptosis-related genes in colorectal cancer. 2022 May 11

盛京医院

UNDER REVIEW

Journal: lipids in health and disease. IF: 3.876. 生物学3区

主要背景：

铜死亡是一种新的细胞死亡机制，额外的铜在TCA循环中与脂化蛋白直接结合，可导致线粒体功能障碍。然而，结直肠癌免疫微环境中铜死亡的影响还不清楚。研究旨在构建一个结直肠癌免疫治疗预后signature并探索铜死亡相关基因的新模式。

主要内容：

文章算是两条路线：1.铜死亡相关基因表达模式；铜死亡相关基因功能分析；预后铜死亡相关基因的nomogram；铜死亡相关signature构建；signature免疫治疗应用；2.铜死亡相关基因分子亚型；亚型间功能；亚型间免疫浸润。不过文章的signature缺少验证。

主要结论：

为揭示结直肠癌中铜死亡与免疫微环境相关性的脆弱性提供了证据。

如果和本文撞车，考虑到结直肠癌本身就有很多临床分型，选择某一亚型进行分析是改动最小的。当然了，同样也可以针对铜死亡基因先识别分子亚型，再挑选亚型特征构建模型是最简单的方式。

5.Cuproptosis-related lncRNAs are correlated with metabolism and immune microenvironment and predict prognosis in pancreatic cancer patients. 2022 May 16

仁济医院

主要背景：

铜死亡作为一种新的细胞死亡通路，在胰腺癌中的调控机制还缺少研究。作者评估了铜死亡相关lncRNA是否能够预测胰腺癌患者预后。

主要内容：

识别预后铜死亡相关lncRNA；构建和验证铜死亡lncRNA预后模型；模型独立性分析；nomogram建立；风险分组免疫力和肿瘤纯度；差异基因和富集分析。

主要结论：

铜死亡相关lncRNA能够用于预测胰腺癌患者预后，与肿瘤代谢和免疫微环境相关。

不管是lncRNA还是miRNA等非编码RNA，其实都不建议在现有的研究基础上做生信的分析。虽然从机制上讲，非编码RNA具有调控作用，而且对于现有的铜死亡基因，肯定能找到调控的非编码RNA。但是目前铜死亡概念才刚提出，很难找到证据表明有非编码RNA靶向铜死亡这个生物学过程。所以如果和本文撞车，建议直接研究铜死亡基因本身。

6.Identification of cuproptosis-related subtypes, construction of a prognostic model, and characterization of the tumor immune microenvironment in gastric cancer. 2022 May 16

郑州大学附属第一医院

死亡方式经典分型思路

主要背景：

铜死亡是一种新发现的细胞死亡方式，胃癌中铜死亡与肿瘤免疫微环境和预后的关系还没有被报道。

主要内容：

对应之前为大家整理的思路二，铜死亡相关分型。铜死亡相关基因突变和拷贝数改变；铜死亡亚型识别；亚型功能和肿瘤微环境刻画；铜死亡预后差异基因分类；铜死亡预后风险评分构建与验证；铜死亡基因表达水平湿实验；风险分组间肿瘤微环境；风险评分与肿瘤特征；药物敏感性；nomogram建立。

主要结论：

该研究在胃癌中确定了一个铜死亡相关基因的预后模型，综合地建立了铜死亡与肿瘤免疫的关系。

如果和这篇文章撞车，在分子分型上已经很难有空间了，毕竟本文的内容是比较完备的。可以尝试的方向是以铜死亡过程活性量化为出发点。或者基于目前公开数据出发，从基因组层面研究免疫治疗队列的铜死亡。

7.Cuproptosis-related IncRNAs predict prognosis and immune reponse of lung adenocarcinoma IncRNAs predict lung adenocarcinoma. 2022 May 25

广西医科大学附属第一医院

UNDER REVIEW

World journal of surgical oncology, IF: 2.754. 医学4区

主要背景：

铜死亡是一种新的细胞死亡方式，探索癌症中铜死亡的作用对于临床应用具有巨大潜能。铜死亡相关的lncRNA在肺腺癌中可能具有临床诊断和治疗潜能。

主要内容：

铜死亡相关lncRNA的识别和预后signature构建；signature生存分析；signature独立性分析；nomogram建立与PCA；功能富集与免疫相关功能分析；TMB与药物敏感性。

主要结论：

包含16个铜死亡相关lncRNA的signature能够准确地预测肺腺癌患者预后，对临床应用和免疫治疗可能提供了新的视角。

本文同样是lncRNA的类型，解决方案和前面提到的一致，建议直接研究铜死亡基因本身。

8.Comprehensive Analysis of Cuproptosis Regulators With Regard to prognostic and Immune Infiltration in Clear Cell Renal Cell Carcinoma. 2022 May 12

南通大学

之前在投BMC bioinformatics，处于under review；目前应该是被拒了

主要背景：

铜死亡是一种最近发现的新细胞死亡方式，在肿瘤中扮演了重要角色。然而，铜死亡相关基因的预后价值在肾透明细胞癌中还未阐明。

主要内容：

铜死亡相关基因表达水平；表达水平与临床病理相关性；功能富集分析；预后分析；铜死亡预后模型构建；nomogram建立；模型与免疫浸润；铜死亡相关基因与其他免疫特征。

主要结论：

该研究在肾透明细胞癌中综合地分析了铜死亡相关基因的预后和免疫浸润影响，识别了5基因的预后生物标志物，为肾透明细胞癌中铜死亡的功能提供了重要证据。

针对这篇透明细胞肾癌的文章，正如前文所说，研究其他病理亚型的肾癌或者做分子分型的研究是最快捷的方式。

铜死亡破圈解决方案
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