在预后模型等预后相关分析中,绘制Kaplan-Meier生存曲线可以直观地展示预后效能。我们通过survminer包的ggsurvplot()函数,调整不同参数即可绘制多种样式的生存曲线。数据格式、代码都比较简单、易上手。
先准备一个包含三列的数据矩阵,包含:生存时间、生存状态、分组。比如survival包自带的”lung”数据:
绘制生存曲线前,先对数据进行拟合:
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
接着绘制一个基础的生存曲线:
p <- ggsurvplot(fit, data = lung)
添加Risk table展示样本信息:
p <- ggsurvplot(fit, data = lung, risk.table = TRUE)
也可以修改palette参数调整配色:
p <- ggsurvplot(fit, data = lung, palette = 'nejm')
再添加置信区间:
p <- ggsurvplot(fit, data = lung, palette = 'nejm', conf.int = TRUE)
最后当然是保存到pdf文件,通常我们会这么做:
pdf(‘Kaplan_Meier.pdf’)
p
dev.off()
打开pdf图一看,多了一页空白页?
我们稍微修改输出代码:
pdf(‘Kaplan_Meier.pdf’)
print(p, newpage = FALSE)
dev.off()
再打开pdf查看,空白页就没有啦!