随着测序技术的快速更新迭代，新的测序技术在出现后的几年时间里产生了大量的高通量数据以供研究者们进行科学问题的研究探讨。如今多如牛毛的单细胞文章就是单细胞测序技术带来的影响，这个过程的周期也不断在缩短。很多临床或者基础研究的粉丝因为对测序行业不了解或者不知道数据怎么为我所用，至今还可能停留在芯片、组织测序上，对单细胞测序、空转测序还知之甚少，但是紧跟时代和热点才是赢得审稿人青眼相看的关键。今天就给大家分享一个利用单细胞数据做科学研究的思路，感兴趣和不感兴趣的小伙伴们都要记笔记了。

肿瘤细胞与免疫系统的复杂互作贯穿了整个癌症的发生发展过程。在免疫系统的选择压力下，肿瘤经历“免疫编辑”过程，从一开始的“免疫清除”阶段，逐步累积基因组变异，达到与免疫系统相抗衡的“免疫平衡”阶段，基于突变获得生长优势的肿瘤细胞群体得以保留和增殖，最终到达“免疫逃逸”阶段。其中，肿瘤细胞和CD8+ T细胞之间的复杂互作被证明能够导致患者预后以及治疗应答产生显著差异。然而由于细胞空间分布和功能状态的高度异质性，肿瘤细胞与微环境各种细胞组分之间是否存在互作，并且这种互作如何进一步影响患者的临床结局仍是未知的。因此，该课题研究目的在于挖掘肿瘤微环境中关键的细胞互作，了解互作过程中起到桥接作用的受体-配体互作对，筛选对患者临床结局有影响的细胞互作过程，以帮助理解肿瘤-免疫互作分子机制并促进癌症免疫治疗手段的应用。

聚焦肿瘤微环境关键的细胞互作指导预后

大纲

微环境细胞landscape

肿瘤细胞亚群的识别与刻画

感兴趣的免疫细胞亚群（例如T细胞或单核细胞）的识别与刻画

基于配体受体互作对系统刻画肿瘤细胞与xx免疫细胞的互作

验证互作细胞在three-dimensional pseudo space的可接近性

基于细胞互作机制构建预后标志物

细胞互作预后标志物的应用潜能

一、微环境细胞landscape

二、肿瘤细胞亚群的识别与刻画

三、感兴趣的免疫细胞亚群（例如T细胞或单核细胞）的识别与刻画

四、基于配体受体互作对系统刻画肿瘤细胞与X免疫细胞的互作

五、验证互作细胞在three-dimensional pseudo space的可接近性

六、基于细胞互作机制构建预后标志物

七、细胞互作预后标志物的应用潜能

这是一个主打肿瘤免疫微环境中细胞互作的思路，涉及单细胞及预后、免疫治疗应答等分析初步评估能在7以上的水平，融合大量数据的话可能更高。思路细节不便做过多解释，感兴趣又没有看懂的小伙伴建议扫码私聊。

TME关键的细胞互作单细胞思路

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参考文献

Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals the Crosstalk Propensity Between the Tumor Intermediate State and the CD8+ T Exhausted State to be Associated with Clinical Benefits in Melanoma, Frontiers in Immunology. 2022

Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals a Tumor-Reactive T Cell Signature Associated With Clinical Outcome and Immunotherapy Response In Melanoma, Frontiers in Immunology. 2022

Tumor and immune reprogramming during immunotherapy in advanced renal cell carcinoma. Cancer Cell. 2021