大家一定想不到,坏死性凋亡最近又出新文章了!就在今年7月27日,Frontiers in Immunology(IF:8.786)发表了一篇坏死性凋亡lncRNA相关的文章,先别着急划走,这种识别坏死性凋亡相关lncRNA的方式,小编的确是第一次看到。在检索了大量文献之后,惊喜地发现这是坏死性凋亡lncRNA“推陈出新”第一篇!
背景
肝细胞癌是全球第三大最普遍的癌症相关死亡原因。
……_……不写了,反正没人仔细看
坏死性凋亡(necroptosis)主要由PRK1、RIPK3、RIP1、MLKL等介导,在调节癌症生物学中的作用主要包括肿瘤发生、癌症转移和抗肿瘤免疫。研究表明,在坏死性凋亡和抗癌免疫之间存在着紧密的串扰,它与免疫检查点抑制剂显示出协同增强的抗肿瘤能力。系统全面地探索坏死性凋亡与免疫肿瘤微环境(TME)之间的关系更容易提高理想的免疫治疗效果。
lncRNA与炎症反应、免疫浸润和免疫治疗密切相关,但lncRNA和坏死性凋亡在抗肿瘤作用中的作用仍未得到广泛的探索,综合分析可能为肝细胞癌患者的临床管理开辟新的见解和思路。
流程图
好丰富有木有,惊到小编的一点就在于筛选坏死性凋亡相关lncRNA的方式,就在Step I。
以往的方式或者常见的方式有三种:1.计算不同组间差异表达的坏死性凋亡基因,基于相关性筛选坏死性凋亡基因的lncRNA,计算不同组间差异表达lncRNA,两者取交集作为候选lncRNA;2.计算不同组间差异表达lncRNA,基于相关性筛选坏死性凋亡基因的lncRNA,两者取交集作为候选lncRNA;3.基于相关性筛选坏死性凋亡基因的lncRNA,单变量cox筛选预后(也可以是其他限定条件)相关lncRNA,两者取交集作为候选lncRNA。这三种方式其实都是计算差异,无非就是拆分再组合,可视化为下图
但这篇文章是怎么做的呢?原文贴出来(其实小编是不想打字)
拍大腿,之前怎么没想到用WGCNA识别候选坏死性凋亡相关lncRNA,WGCNA作为众多方法之一,坏死性凋亡相关lncRNA作为众多研究对象之一,它们俩走到一起也很正常啊,那是不是其实早就有人这么做了呢?小编赶紧打开PubMed搜索necroptosis、lncRNA、WGCNA、necroptosis-related lncRNA,无论怎么组合关键词,在这之前,它就是没有这么做的,惊喜又意外,噔噔噔噔,赶紧跑来跟大家分享。
那这篇文章就这一个亮点吗?仔细看下去,又发现了不一样的地方。小编把这篇文章大致的结果放出来,看看我们之间有没有默契:
坏死性凋亡在肝细胞癌TME中的作用
筛选与坏死性凋亡相关的lncRNA和识别异质性亚型
坏死性凋亡亚型的显著性预后价值
坏死性凋亡亚型的验证
坏死性凋亡亚型独特的分子特征和临床特征
肝细胞癌患者免疫治疗的综合评估
肝细胞癌患者潜在治疗药物的开发
Over
总的来说,这篇文章基于坏死性凋亡相关lncRNA揭示了肝细胞癌的肿瘤异质性,区分了两种亚型,并进一步揭示了不同的临床结果、基因组景观、生物学行为和免疫特征等亚型间异质性的分子特征,为肝细胞癌患者的个体化治疗策略的肿瘤异质性提供了新的见解。
你要说差不多水平的文章可不就是这个呗,那还是扫码了解详情,生信人告诉你亮点不止一个,怎么做才能环环相扣,抓住审稿人的心!