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小编从网上摘录的别人汇总的常用生物信息学软件及参考文献，参考文献均来自于NCBI PubMed数据库：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=
只需要输入ID即可获取文献。
名称 | 简介 | 参考文献 | 备注 |
ALINE | 一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑器 | ||
AMDA | 用于自动微阵列数据分析的一个R包 | ||
AmiGO | 访问本体论和注释数据 | ||
AnnotationSketch | 基因组注释绘图库，基因组特征可视化 | ||
Arcadia | 代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示 | ||
ArchTEx | 下一代测序数据片段的最佳延长及准确提取和可视化 | ||
ArrayExpress | 将ArrayExpress数据集导入到R/Bioconductor中 | ||
ArrayExpressHTS | 用于RNA-seq数据处理和质量评估的一个流程 | ||
arrayMagic | 双色cDNA微阵列质控和预处理 | ||
arrayQCplot | 用图形分析和统计分析检查微阵列数据质量的软件 | ||
BALL | 生物化学算法库 | ||
BALLView | 用于分子建模研究和教育的一个工具 | ||
BamTools | 分析和管理BAM文件的一个C++应用程序接口和工具包 | ||
Batch Blast | 批量Blast提取器：一个自动的blastx剖析器应用程序 | ||
BayesPeak | 分析ChIP-seq数据的一个R包，峰识别 | ||
BEDTools | 比较基因组特征的一套灵活的实用程序，支持BED，BAM， | ||
BEST | 结合位点评估工具套件，整合了4种普遍使用的motif发现程序 | ||
BIGpre | 一个下一代测序数据质量评估程序包 | ||
BiNGO | 一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的Cytoscape插件 | ||
Bio++ | 用于序列分析、系统发生学、分子进化和群体遗传学的一套C++库 | ||
BioCoder | 一种标准化及自动化生物学实验方案的编程语言 | ||
BioJava | Java语言编写的一个生物信息学开源框架 | ||
biomaRt | 生物学数据库（Ensembl）和微阵列数据分析 | ||
Biopython | 适用于计算分子生物学和生物信息学的可免费获得的python工具 | ||
BioRuby | 适用于Ruby编程语言的生物信息学软件 | ||
BioWarehouse | 一个生物信息学数据仓库整合工具包 | ||
birgHPC | 为生物信息学和分子动力学创建即时计算集群，自启动linux发行版 | ||
Biskit | python编写的一个结构生物信息学软件平台（库） | ||
BisoGenet | 一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape插件 | ||
BlastR | 非编码RNAs的快速且准确地数据库搜索 | ||
Bowtie | 比对短DNA序列片段到大型基因组上的一个超快、 | ||
Bpipe | 一个运行和管理生物信息学流程的工具 | ||
BRAT | 重亚硫酸盐处理的片段分析工具 | ||
BRAT-BW | 重亚硫酸盐处理的片段的高效且准确地比对 | ||
Brian | 一个Python编写的脉冲神经网络模拟器 | ||
BSMAP | 全基因组重亚硫酸盐测序比对程序 | ||
BugView | 用于比较基因组的一个浏览器，Java编写 | ||
Caryoscope | 在基因组环境中查看比较基因组杂交微阵列数据的一个 | ||
CEAS | 顺式调控元件注释系统，对ChIP-chip，ChIP-seq的峰进行注释 | ||
CentiLib | 网络中心性的综合分析和探索 | ||
Cerebral | 一个使用亚细胞定位注释进行生物网络布局和交互的Cytoscape插件 | ||
ChemmineR | 一个化合物挖掘（结构相似性搜索和小分子聚类）R框架 | ||
ChIPDiff | 从ChIP-seq数据中进行差异组蛋白修饰位点的全基因组识别 | ||
ChIPMunk | ChIP-Seq数据中结合motif的深度和广度挖掘 | ||
ChIPpeakAnno | 一个注释ChIP-seq和ChIP-chip数据（峰）的Bioconductor包 | ||
ChIPseqR | 核小体定位和组蛋白修饰ChIP-seq实验分析 | ||
Chipster | 用于微阵列和其他高通量数据的用户友好的分析软件 | ||
CisGenome | 一个分析ChIP-chip和ChIP-Seq的整合软件系统 | ||
ClutrFree | 聚类树可视化与解释 | ||
COBrA | 一个生物本体论编辑器 | ||
Cobweb | 一个网络浏览和可视化Java小程序 | ||
ComBat | 使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据中的批次影响 | ||
coMOTIF | 一个识别ChIP-seq数据中转录因子和共调控motif的混合框架 | ||
ContEst | 评估下一代测序数据中人类样品的交叉污染 | ||
Conscript | RasMol到PyMOL的脚本转换器 | ||
CoXpress | 基因表达数据中的差异共表达分析（R包） | ||
Cytoscape ESP | 使用逻辑操作符和通配符在多属性领域搜索复杂生物 | ||
Cytoscape Web | 一个交互式基于网络的网络浏览器 | ||
DAnTE | 一个定量分析组学数据（蛋白质组、微阵列）的统计工具 | ||
DBChIP | 用ChIP-seq检测转录因子的差异结合 | ||
Dendroscope | 一个交互式大型系统发生树查看器 | ||
DIME | 基于一套混合模型的差异ChIP-seq结合位点识别R包 | ||
DendroPy | 一个系统发生计算Python库 | ||
DrugViz | 一个在生物网络中可视化和分析小分子药物的Cytoscape插件 | ||
dsrc | FASTQ格式中DNA序列片段的压缩 | ||
EagleView | 一个适用于下一代测序技术的基因组装配查看器 | ||
EASE | 在基因列表中识别生物学主题，用于基因列表的快速生物学解释 | ||
Easyfig | 基因组比较可视化，创建多个基因组位点的线性比较图形 | ||
EMBOSS | 欧洲分子生物学序列分析开放软件套件 | ||
EnzymeTracker | 一个开源的样品跟踪实验室信息管理系统 | ||
Eoulsan | 一个促进高通量测序分析的基于云计算的框架 | ||
ESBTL | 用于生物大分子结构和几何分析的高效PDB剖析器和数据结构 | ||
Expander | 一个整合的基因表达数据分析软件平台，支持微阵列数据 | ||
ExpressionPlot | 一个分析RNA-Seq和微阵列基因表达数据的基于网络的框架 | ||
EZ-Viz | 用标签和按钮简化PyMOL中分子查看 | ||
FIMO | 扫描一个给定motif的出现 | ||
Flapjack | 图示的基因型可视化 | ||
flowViz | 一个可视化流式细胞仪数据的Bioconductor包 | ||
FPV | 使用Java 3D进行快速蛋白质可视化 | ||
FunNet | 一个探索转录相互作用的整合工具 | ||
FX | 一个云端RNA-Seq分析工具 | ||
GaggleBridge | 协作的数据分析 | ||
Gap5 | 编辑数十亿的片段序列装配 | ||
GBParsy | 一个高速的GenBank平面文件解析器库 | ||
Generic HTML | 一个保存网络收集的数据到一个MySQL数据库中的多功能PHP脚本 | ||
GeneNotes | 第一个允许用户收集和管理有关基因/ESTs的多媒体生物 | ||
GeneTrack | 一个基因组数据处理和可视化框架 | ||
GeneTUKit | 一个文档水平基因标准化软件 | ||
GeneXplorer | 微阵列数据的可视化和分析 | ||
GenomeView | 使用动态导航和语义缩放动态地浏览高容量的比对短片段数据 | ||
GenomeViz | 可视化微生物基因组 | ||
Genomorama | 基因组可视化和分析 | ||
GenoViewer | 一个高度用户友好、易于操作的SAM/BAM查看器和比对器工具 | ||
GenPlay | 一个多用途基因组分析器和浏览器，识别各种微阵列和测序数据格式 | ||
GEOquery | 基因表达综合数据库（GEO）和BioConductor间的一个桥梁 | ||
GIMP | 一个跨平台的处理数字图像的免费、开源软件 | ||
GLITR | 基于对照数据的随机采样计算一个倍数变化以从ChIP-Seq | ||
GO::TermFinder | 访问基因本体论信息并找到与一列基因相关的显著富集的基因本体论术语 | ||
GoBean | 一个GO术语富集可视化探索Java GUI应用程序 | ||
GOGrapher | 一个GO图形展示和分析Python库 | ||
GOlorize | 一个带有基于本体论的布局和着色的Cytoscape网络可视化插件 | ||
gputools | 使得能够在R中进行GPU计算的一个包 | ||
graph2tab | 一个转换实验流程图为表格格式的程序库 | ||
GReEn | 一个基因组重测序数据高效压缩工具 | ||
GRiP | 一个模拟原核生物中转录因子结合的计算工具 | ||
GSEA | 基因集合富集分析：一种解释全基因表达谱的基于知识的方法 | ||
HilbertVis | 用希尔伯特曲线来可视化基因组数据 | ||
i-cite | 一个浏览器扩展，增强了生命科学文献的导航，及链接术语到 | ||
IGB | 整合基因组浏览器：用于基因组规模数据集的发布、探索、可视化 | ||
Interpol | 一个蛋白质序列预处理R程序包 | ||
interPopula | 一个访问HapMap计划数据集的Python API | ||
IntervalStats | ChIP-seq数据集相似性的一个有效统计评估 | ||
IVEE | 用基因型谱方法分析基因片段的组合模式，检测甲型流感 | ||
J-Express | 使用Java来探索基因表达数据 | ||
Jalview | Java多重序列比对编辑器 | ||
Java Treeview | 微阵列数据可视化，树状图查看 | ||
JBrowse | 下一代基因组浏览器，通过平滑地动态移动，缩放，导航基因组注释 | ||
jClust | 一个聚类和可视化工具箱 | ||
JColorGrid | 生物学测量值可视化，绘制热图，颜色网格等 | ||
Jetset | 挑选最佳的微阵列探针集来代表一个基因 | ||
JSBML | 一个处理SBML的灵活Java库 | ||
jSquid | 一个图形化在线网络浏览Java小程序 | ||
JViz.Rna | 一个RNA二级结构可视化Java工具 | ||
KEGGgraph | 一种用R和bioconductor绘制KEGG PATHWAY的图形方法 | ||
KEGGtranslator | 可视化并转变KEGG PATHWAY数据库为各种格式 | ||
KGML-ED | KEGG通路图的动态浏览和编辑 | ||
LeARN | 检测、聚类和注释非编码RNAs的一个平台 | ||
limmaGUI | 一个微阵列数据（双色）线性建模图形用户界面 | ||
LogoBar | 带有空位的蛋白质logos柱状图可视化 | ||
MACS | 基于模型的ChIP-Seq峰识别软件 | ||
MAGIC Tool | 整合的微阵列数据分析工具，开源，多平台 | ||
MAnorm | 一个鲁棒的ChIP-Seq数据集定量比较模型 | ||
MapView | 台式机上的短序列比对可视化软件（大规模并行测序） | ||
Mayday | 一个微阵列数据分析工作台 | ||
medpie | 一个医学留言板帖子信息提取程序包 | ||
MeQA | 一个MeDIP-seq数据质量评估和分析流程 | ||
MethLAB | 一个基于阵列的DNA甲基化数据分析的图形用户界面程序包 | ||
Methyl-Analyzer | 一个分析全基因组DNA甲基化数据的Python包 | ||
Mfuzz | 一个微阵列数据软聚类软件包 | ||
MicroRazerS | 小RNA片段的快速比对 | ||
miRExpress | 分析高通量测序数据以绘制microRNA表达谱 | ||
miRDeep-P | 一种分析植物中microRNA转录组的计算工具 | ||
miRDeepFinder | 一个植物小RNAs深度测序分析工具 | ||
miRNAkey | 一个microRNA深度测序分析软件 | ||
MochiView | 用于基因组浏览和DNA motif分析的多功能软件 | ||
MOF | 微阵列异常值过滤R函数以辅助不成功阵列的识别 | ||
Mosaic | 获得有生物学意义的复杂网络 | ||
MutationFinder | 一个从文本中提取点突变提及的高性能系统 | ||
NGS QC Toolkit | 一个下一代测序数据质量控制工具包 | ||
NGSView | 一个开源、可扩展的下一代测序数据编辑器 | ||
NLProt | 从论文中提取蛋白质名字和序列 | ||
NMPP | 用户可定制的NimbleGen微阵列数据处理流程 | ||
NPS | 用人类中的表观标记，从ChIP-Seq中识别定位的核小体 | ||
NTAP | NimbleGen嵌合阵列ChIP-chip数据分析 | ||
OBO Explorer | 一个网络本体论语言中开放生物医学本体论编辑器 | ||
OMERO | 灵活的、模型驱动的实验生物学数据（图像）管理 | ||
OMPC | 一个开源的MATLAB到Python编译器 | ||
OpenStructure | 一个C++编写的灵活的计算结构生物学软件框架，带有Python接口 | ||
Osprey | 一个复杂相互作用网络可视化和操作软件平台 | ||
p3d | 用于结构生物信息学的Python模块 | ||
PathBuilder | 注释和开发通路资源的开源软件 | ||
PathCase | 在不同水平上存储、查询、可视化和分析代谢通路的系统 | ||
PatMaN | 快速比对短序列到大型数据库上 | ||
PaVESy | 生物通路编辑和可视化数据管理系统 | ||
PDB Editor | 一个用户友好的、带有图形用户界面的基于Java的PDB文件编辑器 | ||
PeakRanger | 一个可在云计算上运行的ChIP-seq峰识别器 | ||
Phybase | 一个使用物种树（species trees）进行系统发生分析的R包 | ||
PileLineGUI | 一个处理下一代测序研究中基因组位置文件的桌面环境 | ||
PIQA | Illumina G1基因组分析器数据质量评估流程 | ||
PRIDEViewer | 一个可视化PRIDE XML文件的新的用户友好的界面 | ||
ProbKnot | 包含假结的RNA二级结构的快速预测 | ||
PsychoPy | 一个Python编写的心理物理学软件 | ||
PURE | 一个基于内容过滤的PubMed文章推荐系统 | ||
Pybedtools | 一个操作基因组数据集和注释的灵活Python库 | ||
PYCHEM | 多变量分析Python包 | ||
pymzML | 质谱数据高通量生物信息学Python模块 | ||
pySolo | 一款完整的果蝇睡眠分析套件 | ||
QuEST | ChIP-Seq转录因子结合位点的全基因组分析 | ||
R453Plus1Toolbox | 一个分析罗氏454测序数据的R/Bioconductor包 | ||
RefPlus | 扩展RMA算法，消除因数据集变化而探针集信号变化的影响 | ||
RGG | 一个适用于R脚本的通用GUI框架 | ||
rHVDM | 一个预测转录因子活性和靶点的R包 | ||
RightField | 将本体论注释嵌入到电子表格中 | ||
Ringo | 一个分析ChIP-chip数据的R/Bioconductor包 | ||
RINS | 高通量测序数据集中非人类序列的快速识别 | ||
rMAT | 一个分析ChIP-chip试验的R/Bioconductor包 | ||
RNA-SeQC | RNA-seq质量控制和过程优化度量 | ||
RNAmute | RNA二级结构突变分析工具 | ||
RNAplex | 一个RNA-RNA相互作用快速搜索工具 | ||
Robin | 一个基于R的表达微阵列定量评估和分析的直观安装向导应用程序 | ||
rpy2 | 使用Python方便地调用Bioconductor处理注释数据， | ||
RseqFlow | RNA-Seq数据分析流程 | ||
Ruffus | 一个轻量级的计算流程绘制Python库 | ||
S-MART | 一个辅助RNA-seq数据分析软件工具箱 | ||
SAMStat | 下一代测序比对SAM文件结果统计，监测下一代测序数据中的偏差 | ||
SAMtools | 处理序列比对结果SAM格式的软件 | ||
SBML2LaTeX | 将SBML文件转换为人类可读的报告 | ||
segemehl | 重亚硫酸盐处理的测序数据的快速且敏感的比对 | ||
Sequence to Structure | 从序列到结构显示、操作和互相连接RNA数据 | ||
Sfixem | 用Java进行图形化序列特征展示 | ||
ShortRead | 一个对高通量测序数据进行输入，质量评估和浏览的Bioconductor包 | ||
SICER | 一种识别来自组蛋白修饰ChIP-Seq数据富集区域的聚类方法 | ||
sigterms | 链接基因表达谱结果和microRNA靶点预测公共数据库 | ||
Simrank | 快速且敏感的通用k-mer搜索工具 | ||
SOAP | 短寡核苷酸比对程序 | ||
SOAP2 | 一个改进的超快的短片段比对工具（SOAP改进版），更快， | ||
SOAP3 | 超快的基于GPU的短片段并行比对工具 | ||
SpotXplore | 在基因调控网络中进行热点（差异表达子网络）表达的可视化探索 | ||
Stampy | Illumina测序片段的敏感且快速比对 | ||
STE | 浏览系统发生树和进化枝的交互式可视化软件 | ||
STEM | 一个短时间序列基因表达数据分析工具 | ||
STELLAR | 快速且准确的局部比对 | ||
SVA | 序列变异分析器：注释和可视化测序的人类基因组 | ||
T-PIC | 基于形状的ChIP-Seq峰识别 | ||
tacg | 一个适用于DNA的模式匹配软件 | ||
Tabix | 从通用TAB分割的文件中快速检索序列特征 | ||
Tablet | 下一代序列装配可视化工具 | ||
TabSQL | 基于MySQL的应用工具，查看、过滤和查询多行数据文件， | ||
TileQC | 基于tile的Solexa数据质控系统 | ||
TileShuffle | 嵌合阵列数据中差异表达片段的检测 | ||
TimeClust | 一个基因表达时间序列分析聚类工具 | ||
TimeView | 高效比较和可视化来自微阵列实验的多个时间数据集（MATLAB) | ||
Tmod | 整合12种motif发现程序为一体的motif发现工具箱 | ||
TreeViewJ | 一个查看和分析系统发生树的应用程序 | ||
Treevolution | 进化树的可视化分析 | ||
UMLS-Query | 查询UMLS（统一医学语言系统）的一个perl模块 | ||
Unipro UGENE | 一个协助分子生物学家管理、分析和可视化数据的统一 | ||
uShuffle | 一个洗牌生物序列而保留k-let计数的有用工具 | ||
VANTED | 一个在生物学网络背景中进行高级数据分析和可视化的系统 | ||
VARNA | RNA二级结构的交互式绘制和编辑 | ||
VennDiagram | 一个高度可定制的文氏图和欧拉图生成R包 | ||
Velvet | 操作de Bruijn图进行从头短序列基因组装配 | ||
VennMaster | 广义的文氏图，一种可视化复杂遗传集合关系的新方法 | ||
ViTO | 蛋白质序列-结构比对精化工具 | ||
WordCloud | 一个创建网络可视化语义概要的Cytoscape插件 | ||
XYLab | 一个混合多元数据观察和解释的交互式绘图工具 | ||
Zerg | 一个非常快速的BLAST解析器库 | ||
ZFIQ | ZFIQ（斑马鱼影像定量器）：一个斑马鱼生物学软件包 | ||
ZOOM | 快速比对大量短片段到参考基因组 |
文章来源于网络，侵删
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